FUNGSI JAKIM
Sebagai sebuah agensi utama pengurusan hal ehwal islam di peringkat persekutuan serta urus setia kepada majlis kebangsaan bagi hal ehwal agama islam Malaysia (MKI), maka jakim melaksanakan tiga (3) fungsi utama berikut:
FUNGSI 1: PENGGUBALAN DAN PENYERAGAMAN UNDANG-UNDANG SYARAK

Menyelaraskan dan melaksanakan arahan majlis raja-raja mengenai urusan agama islam melalui majlis kebangsaan bagi hal ehwall agama islam Malaysia (MKI).

Menggubal, menyemak dan meminda undang-undang syarak bagi penyeragaman negeri-negeri.

Menyelaraskan dan menyeragamkan undang-undang islam seluruh Malaysia.

Menggubal akta dan undang-undang islam bagi wilayah-wilayah persekutuan.

Menyelaraskan penguatkuasaan undang-undang syarak negeri-negeri.

Menyelaraskan fatwa dan pematuhan pelaksanaannya.
FUNGSI 2: PENYELARASAN PENTADBIRAN ISLAM

Mengawal penyelewengan akidah kepada kumpulan yang menyeleweng dan mengancam keselamatan negara.

Menyelaraskan pentadbiran hal ehwal islam dan negeri-negeri.

Merancang dasar-dasar pentadbiran dan pengurusan hal ehwal islam berdasarkan peruntukan dalam Perlembagaan Persekutuan.

Membina pemikiran Islam yang mantap dikalangan ummah berdasarkan pegangan Ahli Sunnah Wal Jamaah.

Meneraju usaha-usaha penyelidikan isu-isu semasa dalam bidang akidah, syariah, falak dan muamalat di peringkat kebangsaan, serantau dan antarabangsa.

Melahirkan kader-kader pendakwah dan ilmuan islam melalui program latihan di institusi-institusi latihan islam.

Memantau dan menyelaraskan pelaksanaan dasar-dasar islam, iaitu Dasar Penerapan Nilai-Nilai Islam (PNI) dan Pendekatan Islam Hadhari (PIH)
di peringkat kementerian dan negeri serta memperkasakan kefahaman dan penghayatannya di kalangan masyarakat.

Mewujudkan penanda aras dalam amalan dan perkhidmatan islam melalui penggubalan Standard Hadhari.

Menjadi pusat rujukan dan khidmat nasihat berkaitan islam kepda agensi kerajaan dan swasta.

Menjadi agensi pemantau unggul dalam pematuhan syariah dalam pelbagai produk perkhidmatan dan kepenggunaan islam khususnya dalam bidang system
kewangan islam dan industri halal.

Menyerlahkan syiar islam di peringkat kebangsaan, serantau dan antarabangsa melalui Majlis Tilawah al-Quran Kebangsaan dan Antarabangsa, serta sambutan
hari-hari kebesaran islam.

Menjadi pusat maklumat dan dokumentasi setempat berkaitan dengan pemikiran dan ilmu-ilmu islam yang dihasilkan melalui pelbagai forum dan persidangan
peringkat kebangsaan dan antarabangsa.

Meningkatkan kolaborasi rangkaian dakwah dengan badan-badan bukan kerajaan peringkat kebangsaan dan antarabangsa.

Meneraju gerakan dakwahsecara bersepadu dengan kumpulan sasar melalui dakwah bil-hal, media cetak, media elektronik dan media-media baru.

Memperkasakan survival umat Islam Sabah dan Sarawak dalam bidang pendidikan, dakwah dan sosio ekonomi.

Memperkasakan perpaduan di kalangan umat Islam untuk menjadi khaira ummah.

Memperkasakan dakwah kepada masyarakat bukan Muslim, Orang Asli dan kumpulan Minoriti.

Memperkasakan pengurusan saudara baru melalui aspek bimbingan, kebajikan dan perlindungan.

Memperluaskan program dan rancangan berunsurkan Islam melalui stesen radio dan televisyen.

Memperluaskan program berunsur nilai murni dan sahsiah Islamiah bagi menangani gejala social.

Memperkukuhkan institusi keluarga dan kejiranan melalui pendidikan dan kemahiran keibubapaan berkonsepkan tarbiah Islamiah.

Membangunkan dan meyediakan sistem maklumat Islam yang komprehensif melalui teknologi informasi dan komunikasi.

Memperkasakan pengurusan hal ehwal islam di agensi-agensi persekutuan dan negeri melalui program-program latihan dalam perkhidmatan.
FUNGSI 3: PENYELARASAN DAN PEMBANGUNAN PENDIDIKAN ISLAM
Membangunkan pasukan pakar dalam pelbagai bidang keilmuan Islam.
Menjadikan Malaysia sebagai hab pengajian tinggi dan penyelidikan al-Quran dan al-hadith di peringkat serantau dan antarabangsa.
Membangunkan dan menyelaraskan pengurusan pendidikan Islam sekolah agama negeri dan sekolah agama rakyat.
Membangunkan dan menyelaraskan program Kelas al-Quran dan Fardhu Ain (KAFA) dalam arus pendidikan kebangsaan.
Memperkasakan peranan dan program pengimarahan institusi masjid sebagai pusat pembangunan ilmu dan ketamadunan ummah yang melibatkan
pelbagai lapisan masyarakat.